כאשר דבר השם עם ישראל פנים בפנים עשרת הדברות, וצוה אותם על ידי משה קצת מצות שהם כמו אבות למצותיה של תורה, כאשר הנהיגו רבותינו עם הגרים שבאים להתיהד (יבמות מז:), וישראל קבלו עליהם לעשות כל מה שיצום על ידו של משה, וכרת עמהם ברית על כל זה, מעתה הנה הם לו לעם והוא להם לאלהים כאשר התנה עמהם מתחלה ועתה אם שמוע תשמעו בקולי ושמרתם את בריתי והייתם לי סגולה (לעיל יט ה) , ואמר ואתם תהיו לי ממלכת כהנים וגוי קדוש (שם יט ו), והנה הם קדושים ראוים שיהיה בהם מקדש להשרות שכינתו ביניהם. ולכן צוה תחלה על דבר המשכן שיהיה לו בית בתוכם מקודש לשמו, ושם ידבר עם משה ויצוה את בני ישראל: והנה עקר החפץ במשכן הוא מקום מנוחת השכינה שהוא הארון, כמו שאמר (להלן כה כב) ונועדתי לך שם ודברתי אתך מעל הכפרת, על כן הקדים הארון והכפרת בכאן כי הוא מוקדם במעלה, וסמך לארון השלחן והמנורה שהם כלים כמוהו, ויורו על ענין המשכן שבעבורם נעשה. אבל משה הקדים בפרשת ויקהל את המשכן את אהלו ואת מכסהו (להלן לה יא), וכן עשה בצלאל (להלן לו ח), לפי שהוא הראוי לקדם במעשה: וסוד המשכן הוא, שיהיה הכבוד אשר שכן על הר סיני שוכן עליו בנסתר. וכמו שנאמר שם (לעיל כד טז) וישכן כבוד ה' על הר סיני, וכתיב (דברים ה כא) הן הראנו ה' אלהינו את כבודו ואת גדלו, כן כתוב במשכן וכבוד ה' מלא את המשכן (להלן מ לד). והזכיר במשכן שני פעמים וכבוד ה' מלא את המשכן, כנגד "את כבודו ואת גדלו". והיה במשכן תמיד עם ישראל הכבוד שנראה להם בהר סיני. ובבא משה (להלן לד לד) היה אליו הדבור אשר נדבר לו בהר סיני. וכמו שאמר במתן תורה (דברים ד לו) מן השמים השמיעך את קולו ליסרך ועל הארץ הראך את אשו הגדולה, כך במשכן כתיב (במדבר ז פט) וישמע את הקול מדבר אליו מעל הכפרת מבין שני הכרובים וידבר אליו: ונכפל "וידבר אליו" להגיד מה שאמרו בקבלה שהיה הקול בא מן השמים אל משה מעל הכפרת ומשם מדבר עמו, כי כל דבור עם משה היה מן השמים ביום ונשמע מבין שני הכרובים, כדרך ודבריו שמעת מתוך האש (דברים ד לו), ועל כן היו שניהם זהב. וכן אמר הכתוב (להלן כט מב מג) אשר אועד לכם שמה לדבר אליך שם ונקדש בכבודי, כי שם יהיה בית מועד לדבור ונקדש בכבודי: והמסתכל יפה בכתובים הנאמרים במתן תורה ומבין מה שכתבנו בהם (עי' להלן פסוק כא) יבין סוד המשכן ובית המקדש, ויוכל להתבונן בו ממה שאמר שלמה בחכמתו בתפלתו בבית המקדש ה' אלהי ישראל (מ"א ח כג), כמו שאמר בהר סיני ויראו את אלהי ישראל (לעיל כד י), והוסיף שם לפרש "ה'" לענין שרמזנו שם למעלה כי אלהי ישראל יושב הכרובים (מלכים א ח כג), כמו שאמר וכבוד אלהי ישראל עליהם מלמעלה היא החיה אשר ראיתי תחת אלהי ישראל בנהר כבר ואדע כי כרובים המה (יחזקאל י יט כ). ואמר דוד ולתבנית המרכבה הכרובים זהב לפורשים וסוככים על ארון ברית ה' (דהי"א כח יח), וכן יזכיר תמיד בבית המקדש לשם ה' (מ"א ה יט), לשמך (שם ח מד), ויאמר בכל פעם ופעם ואתה תשמע השמים (שם ח לב), במדת רחמים, וכתיב (שם ח מד מה) והתפללו אל ה' דרך העיר אשר בחרת בה והבית אשר בניתי לשמך ושמעת השמים, ובביאור אמר כי האמנם ישב אלהים את האדם על הארץ הנה שמים ושמי השמים לא יכלכלוך (דהי"ב ו יח). וכתיב על הארון להעלות משם את ארון האלהים אשר נקרא שם שם ה' צבאות יושב הכרובים עליו (ש"ב ו ב). ובדברי הימים (א יג ו) להעלות משם את ארון האלהים ה' יושב הכרובים אשר נקרא שם, כי השם יושב הכרובים:

[מובא בפירושו לפסוק ב'] וצוהו הקב"ה להיכן מניח' שיעשו משכן ובית קדשי הקדשים ובתוכו ארון ובתוך הארון לוחות ושם תשרה שכינה וישראל סביב כמו המלאכים סביב כסא הכבוד ושכינה ביניהם וכן כתוב ושכנתי בתוכם כמו בתוך המלאכים ועל זה נאמר אמרתי אלהים אתם ובני עליון כלכם להיות שכינתי ביניהם:

הקדמה אשר נתן לבניו דת תמימה. אשר יוציא לאור כל תעלומה. יבינני דבר חכמה רשומה. בפרשת ויקחו לי תרומה: וידבר בעלותו אל ראש ההר דבר לו על דבר המשכן. והטעם שיעשו מקדש לשם הנכבד וישכון בתוכו. ושם ידבר עם משה ולא יעלה אל ההר:

[מובא בפירושו לפרק כ"ד פסוק י"ח] ויהי משה בהר. בכל פעם שעלה שם מכאן ואילך, שהם ארבעים יום וארבעים לילה, כימי יצירת הולד, לקנות תחתיה שם הויה נכבדת, ראויה לשמוע מפי הרב מה שלא ישיגהו זולתו, כמו שהעיד באמרו "כי קרן עור פניו בדברו אתו" (להלן לד, כט), וקלקל זה חטאם בסוף ארבעים יום ראשונים, בעת שהיה ראוי להשיגו, כאמרו "לך רד כי שחת עמך" (להלן לב, ז) ; ובאמצעיים, כפי הקבלה שהיו בכעס ולא זכו להנות מקרני ההוד, והשיג זה בארבעים יום אחרונים, ובהם נצטוה על מלאכת המשכן, כמו שבאר באמרו "ואל הארן תתן את העדת אשר אתן אליך" (להלן כה, כא), וזה לא נתקים בלוחות ראשונות, שלא באו לשום ארון אלא שבריהם בלבד בלתי 'עדות', כאמרם זכרונם לברכה "לוחות נשברו ואותיות פורחות" (פסחים פז, ב). וזה בעצמו באר באמרו "ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם" (להלן כה, ח), לא כמו שיעד קדם לכן באמרו "מזבח אדמה תעשה לי.. בכל המקום אשר אזכיר את שמי אבוא אליך" (לעיל כ, כא), אבל עתה יצטרך לכהנים, וזה בעצמו התבאר באמרו "ואתה הקרב אליך את אהרן אחיך" (להלן כח, א), והנה לא נבחר שבט לוי לשרת עד אחר מעשה העגל, כמו שהעיד באמרו "בעת ההוא הבדיל ה' את שבט הלוי.. לשרתו ולברך בשמו" (דברים י, ח). אמר אם כן, שבכל פעם שעלה משה להר שהה ארבעים יום וארבעים לילה, והפעם אשר בה השג זה התכלית היתה הפעם האחרונה לכלם, שבה צוה על מלאכת המשכן. ואחר שסים מלאכת המשכן ובגדי כהנה והקטרת ושמן המשחה, באר שבסוף הראשונים נתן האל יתברך הלוחות הראשונות (להלן לא, יח), ולא סבב הוא יתברך שום אחור, "כי לא ענה מלבו" (איכה ג, לג), אלא שישראל השחיתו ענינם כאמרו "כי שחת עמך" (להלן לב, ז), ובאמצעיים כפי קבלת רבותינו ז"ל היתה פרשת "ראה אתה אמר אלי" (להלן לג, יב), ו"פסל לך" (להלן לד, א), ובשלישית היה כל הענין שספר באמרו "ויהי שם עם ה' ארבעים יום וארבעים לילה.. ויכתב על הלחת" (להלן לד, כח), וירד אז עם קרני ההוד (להלן לד, כט) וצוה על מלאכת המשכן (פר' ויקהל פקודי, לה מ).